指纹、虹膜、面容识别等验证手段还未成为主流，关于生物测定学系统的安全顾虑已经出现。

德勤（Deloitte & Touche）一个生物测定学研究小组指出，有关这类系统的安全顾虑正在上升，一旦生物学手段广泛用来保护银行帐户，犯罪份子将开始寻找办法进行攻击。

人们随处可能留下指纹，这给了其他人提取和复制的机会。各种生物测定学方案都可能受到不同方式的攻击，目前已经证明胶制的假手指能够骗过指纹识别系统，通过照片、视频、面具等手段也能够攻击面容识别系统，虽然目前只有研究者在作复制与攻击的实验。

该小组指出，很多人认为安全的生物测定学系统实际上并非如此，人的面容、声音可以被记录，指纹与DNA也很容易得到，这些将成为真实的威胁。

供应商需要进一步加强安全系统，如在指纹识别系统中检验手指是否有脉搏，或验证是否为真实的器官而非照片。

德勤2006全球IT安全调查报告指出，10%的金融服务机构正在推进或试点生物测定学安全系统，未来几年内很可能成为主流应用。